Iglesia y encomiendas
Los españoles entraron por primera vez al Valle de Tehuacán-Cuicatlán a principios del siglo XVI, encontrándose con numerosos pueblos organizados entorno a señoríos indígenas. A finales de este siglo se establecieron las llamadas “Encomiendas” reconociéndose en la región las de Tehuacán, Zapotitlán Salinas y Tecamachalco en el estado de Puebla, y las de Teotitlán, Tecomavaca, Quiotepec, Cuicatlán y Coixtlahuaca en el Estado de Oaxaca.
Además de la conquista del nuevo territorio se realizó la conquista espiritual de la población. Los franciscanos y dominicos, llegaron a principios del siglo XVI, construyeron tres centros de formación religiosa, conventos de gran belleza que actualmente se pueden seguir apreciando en: Tehuacán, Tecamachalco y San Juan Bautista Coixtlahuaca. (MacNeish)
Los franciscanos fueron los primeros misioneros aquí. Todas las doctrinas de esta zona de Tehuacán/Sierra Negra pertenecían a la diócesis de Tlaxcala.
En 1534 se nombró el primer corregidor para Cuzcatlan. Ignoramos a quién fue encomendado Cuzcatlan; pasó a la Corona el 24 de mayo de 1534 (L. de T., p. 163)
1545 la mitad de Zoquitlan perteneciente a la Corona tenía su propio corregidor.
Después de muchas pérdidas tempranas, en 1570 había alrededor de 6 430 tributarios indígenas (3 000 en Teguacán, 2 000 en Zapotitlan, 500 en Cuzcatlan, 400 en Chiapulco, 280 en Zoquitlán, 250 en Elosuchitlan).
Elosuchitlan-Axalyagualco estuvo encomendado a Juan Durán hasta su muerte c. 1550, cuando la encomienda fue heredada por la viuda de Durán, y poco después por una hija, Luisa de Frías. Esta última se casó primero con Bernardino de Sala y después con Diego de Cisneros (quien aparece como encomendero en 1604). Los tributos pasaron a la Corona en algún omento entre 1629 y 1664.
Hacia el final del siglo Zoquitlan fue añadido al corregimiento de Cuzcatlan, el cual a su vez fue anexado a Tehuacán poco antes de 1643
Zoquitlan, con el cercano Aculcingo (cf. Orizaba), estuvo encomendado en parte al conquistador Francisco de Montalvo, y la otra mitad paso a la Corona antes de 1545. Montalvo fue sucedido c. 1550 por un hijo, Diego, sucedido a su vez por su viuda y otro Diego de Montalvo que vivía todavía en 1597. La mitad privada de esta encomienda pasó a la Corona antes de 1664 y fue reasignada posteriormente (Icaza, I, p. 217).
San Pablo Zoquitlán tuvo un beneficiario desde 1681, pero a partir de 1729 éste residió en Magdalena Coyomeapa